苏州大学生物医学工程硕士学位点于2003年获批设立，学科建设主要依靠放射医学与防护学院完成。江苏省放射医学与防护重点实验室设置在学院。学院各类大型实验仪器设备价值过亿元，近三年获批的各类科研项目经费总额过亿。生物医学工程是多学科交叉的学科，学院与本专业相关的专职教师和研究人员专业背景涵盖核物理与核技术、电子信息、材料、辐射化学、医学影像、生物、医学等。目前专任教工共28人，其中正高12位，包括国家1人，副高9位。

苏州大学生物医学工程专业主要开展辐射技术在医学诊断、治疗、防护和辐射探测应用中的技术研究和相应的人才培养。计划再经过五年的奋斗，争取成为国内辐射技术医学应用的主力研发单位和人才培养基地之一。经过13年的建设，本专业已形成了六个稳定的特色鲜明的招生和培养方向：医学物理、保健物理、生物医学仪器、医学影像技术、生物医学材料、定量系统生物学。